Satul Rogojeni este atestat la 15 mai 1479, cînd Ştefan cel Mare dăruieşte lui Duma Pîrcălab de Cetatea Albă mai multe sate din care unul este Rogojeni. Satul şi moşia au mai aparţinut lui Balica Hatman, Miron Costin şi altor proprietari.

Cronologie: 1810- este atestată biserica din nuiele, unsă cu lut , în 1872 s-a ridicat din piatră. In 1908 moşierul Cheorghe Vîrnav dăruieşte o desetină de pămînt pentru şcoala din zemstvă, îşi asumă  toate cheltuielele pentru constructia ei; 1912- punct de convorbiri  telefonice; 1923- gospodărie boierească; cariera de piatra, şcoala primară mixtă, staţie de cale ferată, biserica , poşta rurală, primărie. In 1930 – 87 gospodării, 343 locuitori. In perioada sovietică – fabrica de asfalt, o brigadă a colhozului, club, bibliotecă, punct medical, magazin, creşă. In a doua jumătate a sec.XIX apare localitatea căii ferate Rogojeni  odată cu construcţia căii ferate Bălţi – Rîbniţa.